Am 16. September 2021 verlieh der deutsche Bundespräsident Frank-Walter Steinmeier das Verdienstkreuz erster Klasse an Václav Malý für seine Verdienste um die deutsch-tschechische Versöhnung.
Václav Malý wurde 1996 von Papst Johannes Paul II. zum Prager Weihbischof ernannt. Er war eine der führenden Persönlichkeiten der Samtenen Revolution von 1989 und einer der Unterzeichner der regimekritischen Charta 77. Er unterzeichnete 1985 den sogenannten Prager Appell, der die Teilung Deutschlands als ein Hindernis auf dem Weg zur europäischen Einheit und damit zur Abrüstung und Befriedung des Kontinents thematisierte.
Václav Malý setzt sich bereits seit Jahrzehnten für die Verständigung und Versöhnung zwischen Deutschen und Tschechen ein und sucht dabei den direkten Austausch mit Vertretern der Sudetendeutschen. Er unterzeichnete den Aufruf „Versöhnung 95″, der die tschechische Regierung zu einem Dialog mit Vertretern der Sudetendeutschen aufrief.
Heute ist Václav Malý eine moralische Instanz in Tschechien, die sich nicht scheut, umstrittene Themen zu thematisieren. Er setzt sich international für Demokratie, Toleranz und Meinungsfreiheit ein. Die Verleihung des Bundesverdienstkreuzes würdige sein Mut, seine Weitsicht und seine hervorragende Menschlichkeit, heißt es aus der Deutschen Botschaft in Prag. Ihr Botschafter Andreas Künne überreichte das Verdienstkreuz am 16. September 2021 im Palais Lobkowicz an Václav Malý.